Yhteiskunta- ja terveystieteiden ylioppilaat YTY ry:n hallitus päätetään vuosittain järjestettävässä syyskokouksessa. YTY ry:n hallitukseen voi lähteä kuka vain opiskelijavaikuttamisesta ja edunvalvonnasta kiinnostunut opiskelija. Hallitukseen pyritään mahdollisuuksien mukaan valitsemaan hakijoita mahdollisimman monipuolisesti kaikista yhteiskuntatieteiden tiedekunnan ainejärjestöistä, jotta edunvalvonta olisi mahdollisimman tasavertaista, ja jotta kaikki järjestöt olisivat edustettuna YTY ry:n hallituksessa. Jokaisella jäsenjärjestöllä on äänioikeus hallitusaktiivien valinnassa.
YTY:n viidennen eli vuoden 2023 hallituksen valinta tapahtui syyskokouksessa 7.12.2022. Tuolloin valituille aktiiveille jaettiin pestit järjestäytymiskokouksessa 9.1.2023. Mukana toiminnassa on kuusi varsinaista hallituksen jäsentä, ja heidän tukenaan seitsemänhenkinen toimaritiimi. Kuhunkin jäseneen voi olla matalalla kynnyksellä yhteydessä erityisesti heidän toimialaansa kuuluvissa asioissa.